Kaligonal adalah kawasan yang terletak di ujung utara museum. Sesuai dengan namanya yang berarti Kaliurang – Diagonal, tempat tersebut dipersiapkan untuk ajang/ venue dari bermacam kegiatan seni dan budaya yang berasal dari bermacam sudut pandang keilmuan dan terapan.  Di lokasi itu nantinya akan berdiri bangunan Joglo/ Pendopo untuk Pawiyatan tari dan musik Gamelan Jawa, acara tembang puisi atau Mocopat, pertunjukan wayang, bedah buku dan forum diskusi. Tempatnya yang sejuk, dikelilingi pepohonan cemara rindang dan rerumputan hijau dengan latar belakang triangulasi gunung Turgo, Merapi dan Plawangan akan  membuat siapapun merasa betah untuk berkontemplasi dalam seni tari, musik, puisi dan olah rasa lainnya.